Die jüngere Geschichte - Die andere Nutzung
Im zweiten Weltkrieg wurde die Kirche stark beschädigt. Dabei brannten das Kirchenschiff und der Turm aus. Auch die Orgel sowie die barocke Kanzel fielen den Flammen zum Opfer.
Als Notkirche wurde am 19. September 1948 der Chorraum wieder in Gebrauch genommen.
1974 wurde der Zusammenschluss der beiden Kirchgemeinden St. Petri und St. Nikolai und damit das Ende der Nutzung der Nikolaikirche durch eine eigene Gmeinde beschlossen.
1976 erfolgte der Auf- und Umbau des Turmes, des Kirchendaches und des Kirchenschiffes nach einem ungewöhnlichen Konzept. Dabei entstanden 1985 10 Turmetagen für kirchliche Dienststellen. Das wiedererrichtete gotische Hallendach beherbergt drei Wohnetagen mit insgesamt 13 Wohnungen und 5 Gästezimmern.
In den Jahren 1991 bis 1994 erfolgten dann der Gewölbeeinbau sowie andere Teilfertigungen, wie Umluftheizung und Verlegung von Kalksteinplatten im Kirchenschiff.
Mit der Aufführung der h-Moll Messe von Johann Sebastian Bach konnte am 05. Juli 1994 die rekonstruiert e Kirchenhalle wiedereröffnet werden.
Die Holzemporen entstanden im Jahr 2000, um so zusätzliche Plätze für Besucher im Kirchenschiff zu schaffen.
Die heutige Orgel stammt aus der Philippus-Kirche in Rummelsberg/Bayern. Sie wurde in Rostock am 21. April 2002 feierlich eingeweiht.